почему происходит такое замедление индексирования ввиду отбрасываемых по причине сбойного поля документов?
Неправильный формат обрабатывается с помощью механизма exception (исключений). И в java он был разработан.... для исключительных ситуаций. На создание exception требуется больше времении, чем на индексацию небольшого документа - поэтому и замедление.
И второй вопрос: как это побороть?
Добавить в logstash проверку на неправильное поле и удалить это поле перед посылкой записи в elasticsearch.