Hola!
Lamentablemente tu problema es con los saltos de lineas en los archivos plain, mas que xml. No hay forma de que logstash sepa que no hay un salto de linea. En el futuroqueremos crear un file reader que pueda leer hasta el final sin importarle el salto de linea.
Por el momento, sin pasar por el editor, lo otro que puedes hacer es fijarte con un grep o algo asi si los files tienen salto de linea, y de lo contrario agregarle un salto de linea para que lea el file.
Saludos!