Судя по логам т.к. у нас не SSD диски, то обновление мета-информации о каждоом индексе(которых у нас больше чем 1000 на ноду) на диске иногда превышает cluster.publish.timeout (Rolling upgrade problem from 6.8 to 7.1.1)
Собственно этот механизм, судя по документации, ввели в 7-ке
https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch/reference/7.4/cluster-state-publishing.html