Наверное, я плохо объяснил. То что было сделано, скорее всего, как раз и привело к полученному результату. Вам надо решить, что вам важнее - ускорение recovery или стабильный поиск. Если стабильный поиск - то я бы начал, с возврата к значениям по умолчанию для indices.recovery.max_bytes_per_sec и cluster.allocation.node_cuncurrent_recoveries.
Elasticsearch отвечает на все запросы параллельно если ему хватает потоков. Как ваше приложение посылает запросы в elasticsearch я не знаю.