Мне удалось у себя воспроизвести. Если запустить
GET help3/_stats?level=shards&filter_path=indices.*.shards.*.docs
то что оно вам выдает?
Кстати, другое временное решение - это добавить текст запроса в параметр preference. Тогда elasticsearch не будет прыгать по шардам для данного запроса.