3 ноды, по 16 gb памяти на каждом
Какой размер хипа у нод и какой средний размер документов?
Вы не могли бы запустить hot_threads во время выполнения скрола и прислать сюда результат?
С кодом проблем не вижу. Если у вас несколько шард в этом индексе, я бы попробовал тянуть параллельно через sliced scroll, поставив slice в количество шард.