- Вы можете посмотреть кол-во шардов и реплик:
GET _cat/indices?v
думаю, что для некоторых индексов у Вас значение отличное от 1:1 - Посмотрите вот это: https://www.elastic.co/guide/en/logstash/current/persistent-queues.html
По остальному, насколько я могу знать, всё происходит прозрачно для пользователя, по опыту со "средней" равномерностью)