Спасибо огромное за подробнейший ответ и за Ваше время.
Вы пожалуй правы, что хотеть от logstash того, для чего он не предназначен, всё же неправильно.
Нашёл на форуме такую тему. Там человек хочет гнать в эластик pdf, и тот продукт, который ему посоветовали, кажись умеет это делать и притом слушает новые файлы. Сам правда не разбирался ещё, но хоть затеплилась надежда.