Logstashでのログ取込で前半部分が欠損する

50万程度のログを1日に1回、Elastic Stackが動いているサーバに取り込み、Logstashのfile input pluginでElasticsearchに入れています。

ある日から突然、取り込まれたデータの前半部分が欠損するようになりました。
頻度や欠損の多さはまちまちですが、必ず前半部分のみが欠損します。
同様の事象にあった方や、対処策に心当たりがあれば、ご教授いただけないでしょうか。

構築してから1年9か月程度たっており、その間ずっとログを取り込んでいましたが、2か月ほど前からこのような状況になりました。
OSはCentOS7で、ELKのバージョンはすべて6.1.1です。

ログ分析用サーバとして運用中で自由に設定変更がしづらい環境のため、設定変更を数試すこともできず、またネットで調べるといろいろな可能性が出てきますが、決定打になりそうなものがなく困っている状況です。

#よくread modeにすべきとの記載を見ますが、バージョンが古くモードが存在しませんでした。
また、メモリを倍に増やし、Elasticsearchの設定変更(8G→16G)もしましたが、効果はありませんでした。

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