Создание индекса в logstash

Собственно вопрос, при отправке индекса из логстеша в ELK
ELK version 7.5.2
При такой записи создается индекс logstash-2020.01.31-000001
index => "logstash-%{+YYYY.MM.dd}"
а при такой journalbeat-7.5.2-2020.01.31
index => "%{[@metadata][beat]}-%{[@metadata][version]}-%{+YYYY.MM.dd}"

Почему так происходит, если формат даты одинаков и как избавиться от этого префикса 00000

У вас, скорее всего, ILM где-то включен. Он, обычно, такие индексы создает.