Olá Abenas,
A questão aqui é que a otimização, por padrão, só acontece quando a query atinge 128 ou mais shards. Você pode mudar esse comportamento passando o parâmetro pre_filter_shard_size na busca (veja mais sobre o parâmetro aqui)
Você pode fazer um teste e passar o parâmetro como pre_filter_shard_size=1, desta forma o Elasticsearch sempre vai tentar otimizar se atingir mais de um shard. Neste caso, veja que no resultado o campo skipped será maior que 0.
Abs!