私自身もまだ pipeline.ecs_compatibilityの設定がどういうものかはっきり理解できていませんが、
こちらの記事の記事でも話題に挙がっていますね。
元のご投稿されているエラー（というか警告）でも
which may change in a future major release of Logstash. To avoid unexpected changes when upgrading Logstash, please explicitly declare your desired ECS Compatibility mode.
とあるとおり将来に備えてpipeline.ymlもしくはlogstash.ymlで明示的に指定することで解消されるのではと思われます。