2台の構成でどちらもマスターノードでデフォルトだとSplit brainになるのでメリットはありません。
https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch/reference/5.3/modules-node.html#split-brain
最悪でも、minimum_master_nodesを2に指定する必要があるかと思います。
ただし、この場合は、1台でも停止したら、データの登録などはできなくなります。
2台構成でもラウンドロビンにする方が良いかと思います。
データの件数にもよりますが、もちろん、台数が多い方が対処できるデータ量が増えます。
あとは、この辺りも参考になるかもしれません。
https://www.elastic.co/guide/en/elasticsearch/guide/2.x/replica-shards.html