Mappingがマージされてしまう件

あー、なるほど。
(A-3)にかんしては、Elasticsearchのデフォルトになります。

あと、A-1のtemplate_nameはA-2のmysql-statusにしないときちんと動かないと思いますが。。。

混ざる点に関してはおそらく、grokにもifを書くべきかと。
Logstash内部としては1つの設定(1つのPipeline)になりますので、それぞれのログを読み込んだ後に、2つのgrokが動いているはずです。

参考: