Это я понимаю - только у вас имя темплейта одно и тоже во всех namespace-ах, а pattern разный. Может, сделать как-нибудь так, чтобы можно было только один template использовать:
output.elasticsearch.index: "%{[kubernetes.namespace]}-filebeat-%{[beat.version]}-%{+yyyy.MM.dd}"
setup.template.name: "filebeat-namespace"
setup.template.pattern: "*-filebeat-%{[beat.version]}-*"
setup.template.enabled: true