KibanaのManagement画面のWatcherにて設定されているかと思います。
その内容を一度、Dev Toolsに張り付けて実行してみるとどうですか?
(こちらではエラーなく登録できました)
advancedの画面で作成しているjsonを、watcherのエンドポイントを指定して実行します。
PUT _watcher/watch/<WatcherのID文字列>
{
"trigger": { ... },
"input": { ... },
"conditions": {
以下略
もし、そちらでも同様に登録が可能であったならば、”””を使った複数行の記述方法がAdvancedのエディタの画面で対応できていないように考えられます。
Dev Toolsで登録したWatcherの条件をAdvancedのエディタで開きなおすと、""" ではなく " で1行に変更されていました。
以上のことから、一度Dev Tools側から登録いただくことをお試しいただきたいです。