Hola Sebastian y bienvenido al foro!
Hace desde la version 6.0 se pueden añadir vector maps personalizados (https://www.elastic.co/blog/custom-region-maps-in-kibana-6-0) utilizando map.regionmap (https://www.elastic.co/guide/en/kibana/current/settings.html).
Ademas he encontrado un hilo sobre nombres de ciudades con acentos (Custom vector maps with accents) por si acaso sea de interés.
Saludos y que tengas un buen finde!